El Bioanalyzer Agilent 2100 está diseñado para determinar la calidad de ácidos nucléicos (ARN y ADN) y la cantidad de una forma más fiable y rigurosa que los sistemas tradicionales. Consiste en un sistema de microelectroforesis mediante el uso de nanocapilares. Es por ello, que este sistema minimiza la cantidad de muestra que se usa para este control, además del tiempo empleado en ello. Actualmente este equipo ha pasado a ser un requerimiento imprescindible en la determinación de la calidad de muestras de RNA y DNA dada su mayor fiabilidad frente a los clásicos geles de poliacrilamida y agarosa.Unidad de genómica
SERVICIOS - Análisis de calidad y cantidad del RNA y DNA
El Bioanalyzer Agilent 2100 está diseñado para determinar la calidad de ácidos nucléicos (ARN y ADN) y la cantidad de una forma más fiable y rigurosa que los sistemas tradicionales. Consiste en un sistema de microelectroforesis mediante el uso de nanocapilares. Es por ello, que este sistema minimiza la cantidad de muestra que se usa para este control, además del tiempo empleado en ello. Actualmente este equipo ha pasado a ser un requerimiento imprescindible en la determinación de la calidad de muestras de RNA y DNA dada su mayor fiabilidad frente a los clásicos geles de poliacrilamida y agarosa.El servicio ofrece:
- Medida de cantidad de RNA/DNA mediante Nanodrop (opcional según elección del usuario)
- Análisis de calidad RNA/DNA (Bioanalyzer)
- Cálculo RIN (RNA Integrity Number)
- Resultados del electroferograma en archivo PDF (y archivo .XAD si el usuario lo solicita)
Actualmente existen varias posibilidades para el Análisis de RNA y de DNA utilizando este sistema siendo las que a continuación se detallan las usadas en esta unidad:
- Para concentraciones medias de RNA total (RNA 6000 Nano): Rango cualitativo: 5-500 ng/µl; Rango cuantitativo: 25-500 ng/ μl.
- Para concentraciones bajas de RNA total (RNA 6000 Pico): Rango cualitativo: 50-500 pg/µl.
- Para concentraciones bajas de dsDNA (High Sensitivity doble strand DNA): Rango cualitativo de hasta 5 pg/ μl (5-500pg/µL) y cuantitativo de 100pg/µl. Para fragmentos de entre 50-7000bp. NOTA: es muy importante para este uso tener bien cuantificado el ADN. Si es ADN genómico es suficiente con cuantificar por Nanodrop; si el ADN proviene de una purificación, ChIP o rescate, debe estar cuantificado fluorimétricamente o solicitar esta cuantificación a la unidad.
Para el uso de otros chips, contactar previamente con el personal.
Una vez terminado el análisis (2 días aprox. desde su comienzo) será comunicado al usuario vía correo electrónico y enviados en formato PDF junto con un informe final para la interpretación de datos.
Para Envío y Requisitos de las muestras así como para la recepción de resultados, consultar en la Guía de Usuario de Bioanalyzer o directamente con la Unidad (eloisa.andujar@cabimer.es, monica.perez@cabimer.es o 954467828).
SERVICIOS - Cuantificación fluorométrica de ADN y ARN
Cuantificación de ácidos nucleícos mediante fluorometría (Qubit 2.0, Life Tecnologies). El fluorímetro Qubit mide concentraciones de ADN, ARN, y proteínas con una alta precisión y sensibilidad. Se basa en la utilización de fluoróforos que se intercalan específicamente entre las moléculas de interés, minimizando así los efectos de los contaminantes. La precisión de las mediciones incluso a bajas concentraciones (Rango de efectividad de 10 pg a 1 ug) hace que el fluorímetro Qubit sea la herramienta ideal para aplicaciones tales como PCR en tiempo real y secuenciación masiva (NGS).
Actualmente, en la Unidad se ofrecen ensayos de:
- Cuantificación de DNA (Qubit™ dsDNA HS Assay Kits):
- Rango Alta Exactitud: 1ng/ml a 500ng/ml
- Rango Exactitud Moderada: 0.5ng/ml–1ng/ml a 500ng/ml-600ng/ml
- Precisión aún en presencia de contaminantes tales como: RNA, sales, disolventes, proteínas, nucleótidos libres.
- Cuantificación de RNA (Qubit™ RNA HS Assay Kits):
- Rango Alta Exactitud: 25ng/ml a 500ng/ml
- Rango Exactitud Moderada: 20ng/ml–25ng/ml a 500ng/ml-1000ng/ml
En el plazo de dos días máximo tras la cuantificación, se enviarán los datos en formato *.xlsx, junto con las indicaciones de diluciones hechas si se diera el caso.
Para Envío y Requisitos de las muestras y/o Recepción de resultados contactar con la Unidad (eloisa.andujar@cabimer.es, monica.perez@cabimer.es o 954467828).
