Para una mayor flexibilidad, el Servicio de NGS de la Unidad, ofrece dos puntos de entrada en el flujo de trabajo:

1. El usuario entrega la muestra y la Unidad se encarga de preparar la librería (esto dependerá de la aplicación solicitada).
2. El usuario entrega en la Unidad la librería ya preparada y que sea compatible con el Sistema de Secuenciación Ion-Torrent, y se comprueba la calidad de la misma.

El servicio de NGS incluye:

• Asesoramiento respecto al diseño experimental (Cobertura, Tipo de Librería necesaria, Preparación de la Librería, Chips, etc…) y preparación de muestras.
• Control de calidad de la muestra (ADN, ARN o librería) mediante BioAnalyzer, Fluorimetría (Qubit), NanoDrop, etc, según determine el servicio por aplicación.
• MATRICES de secuenciación (chips o flowcells).
• Amplificación clonal y Enriquecimiento de las muestras (PCR de emulsión, elaboración de Clusters) con los controles oportunos de trazabilidad del experimento.
• Secuenciación en el equipo correspondiente (PGM de Ion Torrent o NextSeq500 de Illumina).
• Análisis primario de los Resultados que consistirá en los siguientes archivos:
  • Archivo *.pdf con los parámetros del Control de Calidad de la Carrera y los Datos/Secuencias.
  • Secuencias de la/s Librería/s (archivos FASTQ) en las que ya se ha realizado el Filtrado y Trimming para hacer entrega de secuencias que superan ya uno parámetros de Calidad
  • Alineamiento de la/s Librería/s (archivos BAM y BAI) si el usuario seleccionó o proporcionó un genoma de referencia cuando solicitó el Servicio.
  • Si se usan códigos de Barras de Ion Torrent/Illumina, los resultados se entregarán de forma individual para cada uno de ellos.
• En algunos tipos de Aplicaciones, la Unidad realiza un análisis de Datos en mayor profundidad (consultar). Además, ThermoFisher también ofrece Acceso Gratuito al Software Ion Reporter^TM para el Análisis Automatizado de algunas Aplicaciones del PGM.

Una vez terminado el análisis (15 días aprox. por carrera y desde la obtención de la librería) será comunicado al usuario vía correo electrónico y enviados los resultados junto con un informe final para la interpretación de datos.

Para Tarifas y Recomendaciones para utilizar este servicio, contacte con la Unidad (eloisa.andujar@cabimer.es o monica.perez@cabimer.es 954 467828).

La Unidad de Genómica de CABIMER ofrece Servicio de Secuenciación Masiva o Next Generation Sequencing  (NGS) utilizando la plataforma Ion Torrent™ Personal Genome Machine® (PGM)  de Thermo Fisher Scientific (antes Life Technologies)  basada en la tecnología de semiconductores. Ésta  usa chips con sensores de voltaje en cada pocillo capaces de detectar los Hidrógenos (H+) liberados cada vez que un nucleótido se une a la nueva cadena en formación. El resultado es una de las tecnologías de secuenciación más simple, rápida (<3hr/run), rentable (no existe cascada enzimática, sin fluorescencia, quimioluminiscencia, etc..)  y escalable de las que actualmente están disponibles.

La Flexibilidad del sistema es debido a:

• Hay disponibles 3 tipos de chips con diferente rendimiento (numero de Wells para realizar reacciones de secuenciación) con la intención de dar cabida a las diferentes necesidades de cobertura (profundidad de lectura) según la aplicación o necesidad del investigador.
• Longitud de lectura: se pueden elaborar las librería con dos longitudes de lectura según aplicación (reads 200-400pb)

• Posibilidad de Multiplexar muestras (código de barras en adaptadores), es decir, introducir distintas muestras en la misma carrera de secuenciación, amortizando así la reacción y el experimento en general. 

La plataforma de Ion Torrent ofrece una amplia gama de aplicaciones, destacando:

• RNA Seq (Estudios de transcriptómica)
• Chip-Seq, MNse-Seq
• De Novo
• Re-secuenciación en busca de variantes genéticas de todo tipo (AmpliSeq,etc..) a medida, de cáncer o enfermedades hereditarias entre otras
• Análisis estructurales de DNA (Aneuploidía, CNV, STRs,etc..)
• Perfiles de expresión génica de mRNAs y microRNAs a escala global (Small RNA-Seq)
• Estudios de metagenómica y epigenómica
• Tipificación bacteriana, viral.
• Secuenciación con fines diagnósticos de baterías de genes definidos como marcadores de susceptibildad
• Análisis de farmacogenómica a nivel de genoma completo.

Existen varias tecnologías que permiten la resecuenciación dirigida o enriquecimiento de librerías en dianas/genes de interés compatibles con la plataforma Ion Torrent:

• Ion AmpliSeq Panels (DNA/RNA) kits de Life Technolgies. Paneles para el estudio de grupos de genes específicos o regiones genómicas implicados, entre otros, en:
  • Cáncer (Cáncer, BRCA1/2, Lung & Colon,etc).
  • Enfermedades hereditarias (Cardiovascular, Hematology, Autism, Dermatology, Deafnessetc).
  • Enfermedades Infecciosas, Apoptosis.
  • Identificación Humana (Aplicaciones Forenses).
• Ion TargetSeq Custom Enrichment de Life Technolgies (diseño a medida)
• HaloPlex Target Enrichment System de Agilent Technolgies (diseño a medida)

Para ampliar la información, consulte en la web de Thermo Fisher Scientific.

La Unidad de Genómica de CABIMER TAMBIÉN ofrece Servicio de Secuenciación Masiva o Next Generation Sequencing  (NGS) utilizando la plataforma NextSeq500 de Illumina. Esta tecnología está  basada en secuenciación por síntesis (SBS) con nucleótidos marcados con florocromos y terminadores reversibles, permitiendo así una secuenciación masiva y paralela en millones de fragmentos de ADN. Específicamente este sistema resuelve con eficiencia los homopolímeros. Es apto para diferentes aplicaciones pudiendo secuenciar desde paneles pequeños de genes a exomas, transcriptomas y genomas de humanos en un solo experimento.

El sistema presenta una Flexibilidad muy útil que permite trabajar con distintas aplicaciones  y número de muestras. Ello es debido a:

• Hay disponibles 2 tipos de matrices (flowcells) con diferente rendimiento para poderse adaptar a las necesidades de cobertura (profundidad de lectura) según la aplicación o la preferencia investigador. Además la secuenciación se puede realizar desde un único extremo de las moléculas de ADN o desde los dos (single-end y paired-end). Los dos niveles de profundidad sin hasta 130M lecturas (M=millones) en single-end (260M en paired-end) y hasta 400M lecturas en single-end (800M en paired-end).
• Longitud de lectura: la secuenciación se puede hacer hasta 75bp o hasta

La combinación estas características se traducen en un abanico amplio de opciones:

Todas las muestras están marcadas con un “código de barras o index” pudiendo introducir distintas muestras en la misma carrera de secuenciación, amortizando así la reacción y el experimento en general (multiplexar). 

La plataforma de Illumina ofrece una amplia gama de aplicaciones para todo tipo de organismos procariotas y eucariotas superiores:

• RNA Seq (Estudios de transcriptómica completo)
• Estudios de Exomas
• Chip-Seq, MNse-Seq, DRIP-Seq, ATAC-Seq…
• Secuenciación De Novo
• Re-secuenciación en busca de variantes genéticas de todo tipo
• Perfiles de expresión génica de mRNAs y microRNAs a escala global (Small RNA-Seq)
• Estudios de epigenómica y metilación
• Paneles a medida

Los datos de los experimentos de Secuenciación se pueden ejecutar en una amplia gama de canales de código abierto, o bien se pueden transferir, analizar y almacenar de manera segura en BaseSpace® en la nube. BaseSpace (BS) es el entorno informático de genómica de Illumina y también incluye aplicaciones de análisis de datos de Illumina para Exomas, transcriptomas, genomas completos y llamadas de variantes somáticas.

Para ampliar la información, consulte en la web de Illumina.

Este servicio es a medida, así que para cualquier duda, consultar con la Unidad (eloisa.andujar@cabimer.es o monica.perez@cabimer.es 954 467828).