El objetivo de la Unidad de Bioinformática de CABIMER es proporcionar a los usuarios de técnicas de secuenciación masiva una solución integral y eficiente para el procesamiento de sus datos.
Unidad de bioinformática
RESPONSABLE CIENTÍFICO:
TÉCNICO:
El aumento exponencial en la cantidad de datos procedentes de técnicas de secuenciación masiva ha generado la necesidad de sacar el máximo provecho de esta avalancha de información biológica. En este contexto, la bioinformática emerge como un campo de trabajo indispensable en la investigación biomedica contemporánea.
La Unidad de Bioinformática complementa los servicios ofrecidos por la Unidad de Genómica de CABIMER, mediante un procesamiento optimizado y estandarizado de los datos. Nuestro trabajo nos permite acceder a información fundamental, como las regiones del genoma enriquecidas en proteínas específicas, la expresión diferencial de genes en distintas condiciones, así como las rutas metabólicas afectadas.
Además de estas tareas, nos encargamos de la administración de la infraestructura de computación de CABIMER, en colaboración con Sistemas de la Información, asegurando su óptimo funcionamiento y su disponibilidad para nuestros usuarios.
Ofrecemos servicios estandarizados tanto a usuarios internos como externos, así como análisis exploratorios (para más detalle consultar la Guía de Servicios):
Análisis primario
- RNA-seq y derivados: control de calidad, alineamiento a genoma de referencia, normalización y cuantificación de los niveles de expresión.
- ChIP-seq, ATAC-seq, y derivados: control de calidad, alineamiento, normalización, peak calling y cuantificación de la intensidad de los picos.
Análisis secundario
- Análisis de expresión/señal diferencial: incluye la anotación de los picos a características genómicas para datos de ChIP-seq.
- Enriquecimiento funcional en rutas biológicas y funciones de Gene Ontology (GO): a partir de resultados de expresión/señal diferencial.
- Enriquecimiento de motivos de ADN (sitios de unión de factores de transcripción) en picos de ChIP-seq
Análisis exploratorio de software no estandarizado
- Se puede solicitar a la Unidad análisis no definidos en las categorías anteriores, teniendo en cuenta que no garantiza resultados. El precio vendrá definido por las horas invertidas por el analista.
Puede descargar las siguientes guías y formularios pulsando sobre los enlaces:
Guías
Puede consultar las tarifas en este enlace o ponerse en contacto con nosotros en el correo electrónico maria.soler@cabimer.es
