Además, esta plataforma comercializa cristales (slides) con formatos multiplex de diferente densidad:

– 1 x 244K: 1 array/slide en el porta con una densidad de ~244.000 sondas.

– 2 x 105K: 2 arrays/slide idénticos de ~105.000 sondas cada uno.

– 4 x 44K: 4 arrays/slide idénticos, con una densidad de ~ 44.000 sondas.

– 8 x 15K: 8 arrays/slides idénticos, con una densidad de ~15.000 sondas.

En éstos se sintetizan 2, 4 u 8 arrays idénticos en el mismo soporte lo que permite el análisis simultáneo de varias muestras en un mismo slide:

La plataforma de Microarrays de Agilent ofrece una amplia gama de aplicaciones:

• Microarrays de Expresión Génica.
• Estudios de miRNAs,
• Microarrays de Hibridación Genómica Comparativa (oligo aCGH),
• Inmunoprecipitación de cromatina (ChIP-on-chip),
• Análisis de variantes de splicing (SpliceArray) y Metilación del DNA.

Dentro de estas aplicaciones, en la Unidad de Genómica de Cabimer se trabaja de forma rutinaria en las que se indican a continuación:

• Estudios de perfiles de expresión génica diferencial mediante marcaje con un color (Cy-3), en el que todas las muestras se marcan con el fluorocromo Cy-3 y se hibridan el experimento y el control en distintos Microarrays del mismo portaobjetos. Formato del slide 4×44 K (4 array/slide). Diseño de las sondas basadas basadas en: Goldenpath Ensembl Unigene Human Genome (Build 33), RefSeq, GenBank. 

• Estudios de la expresión génica de microRNAs (miRNAs) para estudiar su papel en regulación génica. Sólo existe la posibilidad de marcaje con un color (Cy-3). Formato del slide 8×15 K (8 array/slide). Diseño de las sondas basadas en: Sanger miRBase. 

• Estudios comparativos de CGH para detección de alteraciones o aberraciones cromosómicas en muestras control y muestras problema, usando 2 fluorocromos (Cy-3 y Cy-5) hibridadas conjuntamente.

Los Chips específicos para cada organismo y tipo de análisis están disponibles en la web de Agilent.

Para un análisis completo de Microarrays se incluyen los siguientes puntos y servicios:

• Microarrays
• Asesoramiento respecto al diseño experimental y preparación de muestras.
• “Análisis de calidad del ARN o el ADN” (Bioanalyzer 2100; según aplicación) y cuantificación por Nanodrop o Qubit, según considere el servicio.
• Marcaje de muestras experimentales para posterior hibridación y lavado (Reactivos y protocolo según indicaciones Agilent).
• Lectura con el escáner GenePix 4100A de Axon. Análisis de la imagen, Control de calidad y Cuantificación de datos de fluorescencia con el software específico GenePix Pro 6.0. (datos brutos: *.gpr).
• Para los arrays de expresión se incluye el “Análisis Bioestadístico de datos” (limma): procesamiento de los datos de fluorescencia (datos brutos), normalización de datos mediante RMA, valor de cambio de expresión de una condición respecto a su referencia, con los parámetros estadísticos apropiados para establecer un grado de credibilidad (p-value) y anotaciones sobre los transcritos.
• Para los arrays de CGH se proporcionarán los datos brutos, así como anotaciones y fichero *.gal para que el usuario pueda realizar el análisis de datos.

Una vez terminado el análisis (15 días aprox. desde su comienzo) será comunicado al usuario vía correo electrónico y enviados en tabla Excel (datos brutos, normalizados por estadístico y análisis comparativo apropiado, sólo para expresión), junto con los ficheros *.gpr de la hibridación de los Microarrays y un informe final para la interpretación de datos.

Para Envío y Requisitos de las muestras así como para la recepción de resultados, consultar en la Guía de Usuario de Microarray de Agilent (eloisa.andujar@cabimer.es o monica.perez@cabimer.es 954 467828).